Монокультура негативно влияет на плодородие почвы. 1 Слишком много одних и тех же видов растений на одном участке поля лишают почву питательных веществ, что приводит к уменьшению разнообразия бактерий и микроорганизмов, необходимых для поддержания плодородия почвы. 1

Также производство одного вида растений на большой площади оказывает негативное влияние на структуру почвы: только один тип корней доступен для удержания влаги и предотвращения эрозии почвы. 1

Чтобы искусственно повысить плодородие полей, фермеры применяют химические удобрения, что негативно влияет на естественный состав почвы и экосистему в целом. 12

Однако есть и положительное влияние монокультуры на плодородие почвы: в горизонте 0–20 см под монокультурой наблюдается тенденция к увеличению гумуса по сравнению с севооборотом, так как в почву под монокультурой поступает больше растительных остатков для превращения органического вещества. 3