Монофилия влияет на классификацию живых организмов в биологической систематике следующим образом: она обеспечивает однозначную классификацию, позволяя однозначно определить таксоны. 1

Монофилетический таксон включает общего предка всех видов в таксоне и все виды, произошедшие от него. 1 В идеале вся система живых организмов должна состоять из одних лишь монофилетических групп, поскольку только в отношении таких групп можно формулировать содержательные обобщения и только в их пределах возможны обоснованные экстраполяции. 3

На деле многие группы оказываются немонофилетическими (парафилетическими или полифилетическими). 3 Учёные-систематики постоянно занимаются ревизией системы живых организмов с целью поиска немонофилетических групп и их расформирования. 3