Молекулярные данные в современной систематике используются для решения различных задач: 4

• Разрешение спорных вопросов о таксономическом ранге той или иной группы, о времени дивергенции, о взаимоотношениях таксонов. 4
• Идентификация видов. 3 Для этого применяют ДНК-штрихкодирование: неизвестные последовательности сравнивают со штрих-кодами ДНК известных видов. 3
• Реконструкция эволюционного процесса. 2 Сравнения последовательности ДНК разных генов у разных организмов позволяют получить сведения об эволюционных взаимоотношениях, которые не могут быть обнаружены на основе морфологии или внутренней структуры. 2
• Помощь в решении вопросов глобальной систематики. 4 Например, на основе молекулярных данных было сделано открытие третьей таксономической группы высшего ранга — архебактерий. 4

При этом молекулярные методы не заменяют классические методы систематики, а дополняют их. 2