Молекулярная филогенетика помогла установить родство солнечников с другими протистами следующим образом:

Для этого использовали гены 18S рРНК и актина, которые являются высокоинформативными маркёрами для филогенетических исследований солнечников и амебоидных простейших в целом. 4

Сопоставление полученных последовательностей позволило установить филогенетические связи большинства таксонов солнечников. 1 Построенные кладограммы сопоставили с традиционной таксономической системой солнечников, основанной на морфологических признаках. 1

В результате была доказана полифилетическая природа солнечников, которые оказались не родственны друг другу и образовали несколько независимых клад на эволюционном древе эукариотических организмов. 2

Также было определено филогенетическое положение основных групп солнечников на дереве жизни: актинофриид — в составе Stramenopiles, десмоторацид — в составе Cercozoa, центрохелид — как из одной из групп высокого ранга, возникшей при базальной радиации Bikonta. 4