Молекулярная эволюция повлияла на строение кинетохора в разных организмах, в частности, в увеличении числа микротрубочек, закрепляющихся за единичный кинетохор. 24

Так, у дрожжей вида Saccharomyces cerevisiae к кинетохору крепится одна микротрубочка, у Schizosaccharomyces pombe — от двух до четырёх, у мушки Drosophila melanogaster — от четырёх до шести, у млекопитающих — от 20 и более. 24

При этом критические структурные особенности кинетохор сохранились от дрожжей до человека. 1 Филогенетический анализ показывает, что человеческие кинетохорные белки похожи по последовательности на свои дрожжевые аналоги. 1

Также есть мнение, что все кинетохоры имеют единого предка, от которого современные кинетохоры быстро разошлись, сохранив ключевые структурные особенности. 1