Митохондрии взаимодействуют с другими клеточными структурами в эукариотических клетках, например, с эндоплазматическим ретикулумом (ER). 1 Это происходит через их мембранные структуры, которые контактируют друг с другом, но не сливаются. 1 Относительно стабильные контакты обеспечивают координацию клеточных биологических функций, таких как передача сигналов ионами кальция, регуляция апоптоза, реакция ER на стресс, синтез фосфолипидов и перемещение фосфолипидов с мембраны ER на мембрану митохондрий. 1

Также митохондрии взаимодействуют с пероксисомами. 1 Они могут связываться с пероксисомами посредством везикулярного транспорта, а также участвовать в процессе генерации, деления, пролиферации и деградации. 1

Ещё митохондрии взаимодействуют с ядром. 5 Для нормального функционирования клетки необходимо «взаимопонимание» между ядром и митохондриями. 5 Поэтому митохондрии способны как анализировать сигналы, поступающие от ядра, так и передавать ему сигналы в процессе ретроградного сигналинга. 5