Минерализация воды негативно влияет на биоту водоёма. 1 Например, повышенная минерализация негативно сказывается на состоянии рыб: снижает темпы роста и упитанность, приводит к нарушению развития молоди и повышению её смертности. 1 Также изменяется структура сообществ планктона и бентоса — организмов, которые обитают в грунте дна водоёмов. 1

Кроме того, с повышением минерализации воды происходит уменьшение видового разнообразия водных и прибрежно-водных растений. 2 Это происходит за счёт исчезновения как отдельных видов, так и целых семейств, имеющих высокую чувствительность к минерализации. 2

Также в высокоминерализованных водоёмах при повышенных концентрациях органического вещества в водной толще и грязевых отложениях не препятствует одновременному активному протеканию процессов метаногенеза и сульфатредукции. 3 Это происходит из-за снижения конкуренции за питательные субстраты между сульфатредукторами и метаногенами. 3