Микроорганизмы в микроэкосистемах могут взаимодействовать друг с другом разными способами, среди них:

• Конкуренция. 15 Микроорганизмы жёстко конкурируют между собой, так как обладают сходными потребностями в источниках энергии и питания. 5
• Симбиоз. 5 Это совместное длительное существование микроорганизмов в долгоживущих сообществах. 5 Симбиоз может быть эктосимбиозом, когда микроорганизм располагается вне клеток хозяина, и эндосимбиозом, когда он находится внутри клеток. 5
• Мутуализм. 25 Это взаимовыгодные симбиотические отношения, при которых два или более разных вида, живущих в непосредственной близости, полагаются друг на друга в получении питательных веществ, защиты и/или других жизненных функций. 2 Пример: ризобиальные бактерии, которые фиксируют азот для бобовых растений в обмен на энергосодержащие углеводы. 2
• Комменсализм. 5 Это разновидность симбиоза, при которой выгоду извлекает только один партнёр, не принося видимого вреда другому. 5

Характер взаимодействий зависит от формы существования микроорганизмов. 3 Наиболее тесное взаимодействие происходит в биопленках, матах, гранулах и других структурированных сообществах, где клетки микроорганизмов тесно контактируют друг с другом. 3