Микроорганизмы взаимодействуют друг с другом в биологической среде разными способами, среди них:

• Симбиоз. 13 Совместное обитание двух или более видов микробов, при котором они не мешают друг другу в развитии. 1 Симбиоз может быть эктосимбиозом (микроорганизм располагается вне клеток хозяина) и эндосимбиозом (внутри клеток). 3
• Мутуализм. 13 Взаимополезное сожительство, когда присутствие партнёра становится обязательным условием существования каждого. 1
• Комменсализм. 13 Один организм живёт за счёт другого, не причиняя ему вреда. 1
• Паразитизм. 1 Один вид микроорганизма (паразит) поселяется в клетке другого (хозяина) и питается за счёт хозяина. 1
• Хищничество. 1 Прямые пищевые связи между организмами, при которых одни уничтожаются другими. 1
• Конкуренция. 13 Возникает между видами со сходными экологическими потребностями из-за пищи, территории и других ресурсов. 1
• Антагонизм. 14 Подавление развития одних форм микробов другими с помощью вырабатываемых ими антимикробных веществ. 1

Также микроорганизмы могут взаимодействовать через химические факторы: при коммуникативных взаимодействиях секретируемые вещества вызывают модуляцию метаболизма участников, после чего меняются их свойства и/или поведение. 4