Методы термодинамического анализа применяются в разработке молекулярных инструментов на основе олигонуклеотидов для прогнозирования их поведения. 14

Некоторые способы использования:

• Определение термодинамических параметров формирования олигонуклеотидных комплексов. 1 Для этого применяют, например, метод термической денатурации, который позволяет регистрировать кривые плавления комплексов на нескольких длинах волн. 1
• Оценка энергетических эффектов от образования ДНК-комплексов. 1 Для этого используют методы, такие как анализ вкладов от введения в структуру дуплекса модифицирующих остатков, метод множественной линейной регрессии и метод поиска решения. 1
• Выбор оптимальных олигонуклеотидных мишеней. 3 Для этого применяют процедуры термодинамической фильтрации, которые позволяют выбрать олигонуклеотиды, способные эффективно взаимодействовать с мишенями гибридизации. 3

Таким образом, точное термодинамическое описание ДНК-комплексов помогает выявлять энергетические вклады от формирования отдельных элементов структуры ДНК-компонентов и составлять алгоритмы прогностического расчёта гибридизационных свойств олигонуклеотидных конструкций. 1