Метиленовый синий применяется в микроскопии для окрашивания некоторых тканей живого организма. 4

Например, окраска живых дрожжей метиленовой синью позволяет выявить мёртвые клетки, которые легко окрашиваются в синий цвет. 1 Живые клетки остаются неокрашенными, так как не пропускают краску через свою оболочку. 1

Также метод Леффлера с использованием раствора метиленового синего позволяет выявить многие детали формы и структуры микроорганизмов. 2

Ещё один способ применения —  окраска по Романовскому-Гимзе. 2 Это цитологический метод окрашивания микроорганизмов, клеточных структур и тканей различных видов (в том числе крови) для изучения методом световой микроскопии. 2 Краска Романовского-Гимзе состоит из смеси азура, эозина и метиленовой сини. 2