Подход к классификации грибов в микологии менялся в зависимости от уровня знаний и развития техники. 1 Некоторые этапы:

• До XX века наиболее распространённым методом построения классификационных систем был сравнительно-морфологический. 1
• Позднее большое значение приобрёл онтогенетический подход, что было важно для выявления разных стадий развития одного вида, особенно сумчатых грибов. 1
• В последнее время развивается ультраструктурный подход, при классификации грибов учитывается строение крист митохондрий, наличие сформированных диктиосом, строение жгутикового аппарата, порового аппарата септ. 1
• С 90-х годов XX века при построении систем используется молекулярная систематика (геносистематика), основанная на выяснении нуклеотидной последовательности определённых генов. 1
• К концу XX века сформировалось представление о том, что одного царства мало для грибов, которые очень разнообразны по жизненным формам, морфологии и происхождению. 2 Часть отделов перенесли из царства Mycota в царства Protozoa и Chromista и назвали «грибоподобными организмами». 2
• В начале XXI века система грибов продолжает бурно развиваться, в неё постоянно вносятся коррекции, проводимые на основании результатов комплексного анализа морфологических, цитологических, биохимических и молекулярно-генетических признаков. 2

В настоящее время не существует единой, общепринятой классификации грибов, так как ежегодно вносятся корректировки и уточнения позиций отдельных таксонов различных рангов. 4