Ареал обитания непарнокопытных млекопитающих на протяжении миллионов лет менялся следующим образом:

Период расцвета непарнокопытных продолжался от эоцена до миоцена, когда представители этого отряда населяли весь земной шар, за исключением Австралии, Антарктиды и Южной Америки. 12 Южноамериканский континент был заселён непарнокопытными после появления Панамского перешейка в плиоцене. 1

Период упадка непарнокопытных начался в среднем миоцене. 1 Как правило, его связывают с распространением парнокопытных, которые занимали схожие экологические ниши и обладали преимуществом более эффективной пищеварительной системы. 1 Несмотря на это, ряд родов непарнокопытных смог выстоять конкуренцию и продолжать существовать параллельно с парнокопытными. 1

Вымирание мегафауны в конце плейстоцена затронуло и отряд непарнокопытных. 1 В этот период исчезли лошадиные Нового Света, а также шерстистый носорог. 1

Современный ареал непарнокопытных состоит лишь из небольшой части исконного ареала, охватывавшего почти всю сушу Земли. 1 Дикие представители непарнокопытных сегодня обитают в Северной, Центральной и Южной Америке, в Восточной и Южной Африке, а также в Средней, Южной и Юго-Восточной Азии. 1