Представление о классификации археоптерикса менялось с развитием науки. 13

В XIX веке палеонтологи классифицировали археоптерикса как предка птиц на основе отпечатков перьев в окаменелостях. 2 В 1867 году Томас Генри Хаксли поместил археоптерикса в подкласс Sauriurae (ящерохвостые птицы). 1

В XX веке оценка некоторых признаков, роднивших археоптерикса с птицами, менялась, поскольку они в разных сочетаниях находились у рептилий, как правило, не имевших намёка на способность летать и живших значительно позже археоптерикса. 4

Современные исследователи считают археоптерикса переходным звеном от нелетающих динозавров к птицам и относят его к архозаврам, к которым принадлежат современные птицы и крокодилы. 2

Единой таксономии археоптериксов нет, вопрос о том, к скольким видам и родам принадлежат известные экземпляры, остаётся открытым. 1