Поведение обыкновенной мухоловки меняется в зависимости от сезона:

• Осень: когда погода становится холоднее, мухоловки почти полностью исчезают из поля зрения людей, прячась под корой деревьев на зимние месяцы. 1 Часто находят укрытие в гнилых пнях, где пережидают морозные дни. 1
• Весна: с приходом весны мухоловки выбираются из своих зимних укрытий, ищут пищу и готовятся к размножению. 1

Кроме того, при изменении условий окружающей среды, например при сквозняке или значительном понижении температуры, мухоловки прячутся в укрытия или переселяются в другое место. 3