Матрица инцидентности позволяет оптимизировать хранение данных в компьютерных системах следующим образом: в ней указываются связи между инцидентными элементами графа (ребро или дуга и вершина). 3

Для хранения используется двумерная матрица размера [V, E], в каждом столбце которой записано одно ребро. 1 Напротив вершин, инцидентных этому ребру, записана 1, в остальных случаях — 0. 1 Таким образом, сумма чисел в каждом столбце равна 2, а сумма чисел в строчке a равна степени вершины a. 1

Кроме того, если из матрицы инцидентности убрать все нули, в каждом столбце останется только два числа для каждого ребра — номера инцидентных ему вершин. 1 То есть для перечисления рёбер достаточно составить список из пар чисел, что является экономным способом: каждое ребро хранится один раз, когда во всех других вариантах каждое ребро, как правило, записывается дважды. 1