Для построения филогенетического дерева, сочетающего морфологические данные по ископаемым и молекулярные по существующим видам, можно следовать таким рекомендациям: 1

1. Выделить как можно больше групп морфологических критериев, которые друг с другом не пересекаются (их можно считать независимыми). 1
2. Внести эти данные как для ископаемых, так и для ныне живущих и надёжно классифицированных форм в базу данных. 1
3. Выдвинуть гипотезу: если какими-то морфологическими свойствами обладают все представители таксона либо отклонения в свойствах наблюдаются только у представителей небазальной клады, то также всеми ими также обладал и последний общий предок представителей таксона. 1
4. Исходя из этого постулата, выдвинуть наиболее сильную гипотезу: вымершие потомки этого предка обладали всеми этими же свойствами. 1
5. В рамках этой гипотезы посмотреть, кого из вымерших как можно классифицировать, и если это можно сделать единственным образом, то они встраиваются в филогенетическое дерево. 1
6. При втором прогоне ослабить гипотезу: теперь потомки общего предка могут иметь отличие по одному из критериев. 1
7. В последнем, третьем прогоне, — потомки клады могут иметь отличия в пределах одной группы критериев. 1

Также комбинирование молекулярных данных с морфологическими может привести к более надёжным филогенетическим деревьям. 2 Молекулярные данные могут обеспечивать сильную основу для дерева, в то время как морфологические данные могут предлагать дополнительные insights в эволюционные отношения. 2

Выбор метода анализа зависит от типа данных, доступных для анализа, и целей исследования. 2