Лизосомы участвуют в процессе апоптоза клеток следующим образом: в ходе апоптоза ферменты лизосомы изливаются внутрь клетки, её содержимое переваривается. 2

Также лизосомные ферменты необходимы для проведения сигналов апоптоза, в частности, сопряжённого с эндоплазматическим ретикулумом (ЭР). 4 Ещё одна функция лизосом — формирование собственного типа апоптоза, в котором каспазы не принимают участие, а сигнальная роль осуществляется кислыми лизосомными гидролазами — катепсинами. 4

Кроме того, в лизосомах разрушаются апоптотические тельца, а окружающие клетки либо мигрируют, либо делятся, чтобы заполнить освободившееся после гибели клетки пространство. 1