Лизосомы помогают клетке избавляться от старых и повреждённых органелл через процесс аутофагии. 24

При макроаутофагии участок цитоплазмы (часто содержащий какие-либо органеллы) окружается мембранным компартментом, похожим на цистерну эндоплазматической сети. 2 В результате этот участок оказывается отгорожен от остальной цитоплазмы двумя мембранами. 2 Затем такая аутофагосома сливается с лизосомой, и её содержимое переваривается. 2

Таким образом, лизосомы поглощают и перерабатывают дефектные или повреждённые органеллы, а также участки цитоплазмы, нуждающиеся в обновлении. 1 То, что не может быть переварено, высвобождается из клетки. 1