В геологии лишайники используются для датировки геологических процессов. 1 Многие накипные лишайники являются маркерами «возраста» извержений, обвалов, каменных лавин за последние 10 тыс. лет. 1 На этом основана лихенохронология. 1

В экологии лишайники применяются для мониторинга уровня загрязнения окружающей среды (лихеноиндикации). 24 У различных видов лишайников неодинаковая степень чувствительности к загрязнению атмосферы. 2 Чем чище воздух, тем больше лишайников можно найти на той или иной территории. 3

Также лишайники участвуют в геохимическом круговороте веществ, потребляя из воздуха, воды и горных пород одни вещества и выделяя другие. 1