Лимнология связана с другими науками через использование методов исследований. 34 При изучении водоёмов лимнология применяет методы гидрологии, гидробиологии, гидрохимии, гидрофизики, геоморфологии, геоботаники, метеорологии и других наук. 34

Некоторые примеры связей лимнологии с другими науками:

• Гидробиология. 12 Лимнология тесно связана с гидробиологией, которая изучает водные организмы и их взаимодействие с абиотической (неживой) средой. 2
• Химия. 1 Изучение состава воды, который является одним из значимых факторов для развития планктона, связано с задачами химии. 1
• Биология и физика. 1 На рост и жизнедеятельность фитопланктона (водорослей, цианобактерий) влияет количество солнечного света, проникающего в водоём, что связывает лимнологию с биологией и физикой. 1
• География. 34 Данные стратиграфии озёрных отложений и наблюдения за колебаниями уровня воды в озёрах используются для изучения изменения климата и влагооборота между океаном и сушей в предшествующие эпохи и решения других вопросов географии. 4