Кроссинговер влияет на расстояние между генами в хромосомах следующим образом: чем дальше друг от друга расположены сцепленные гены, тем больше вероятность кроссинговера между ними и выше частота рекомбинаций. 4

Вероятность прохождения кроссинговера между двумя генами тем реже, чем ближе друг к другу они расположены. 2 По мере увеличения расстояния между генами всё более возрастает вероятность того, что кроссинговер «разведёт» их по двум разным гомологичным хромосомам. 2

На основании частот рекомбинации определяют расстояние между генами, что позволяет строить генетические карты хромосом. 3 Например, если частота рекомбинаций между генами — 4%, значит, они расположены в одной хромосоме на расстоянии 4 морганид. 4