Кроссинговер между генами может влиять на проявление рецессивных заболеваний, так как в результате этого процесса образуется новая комбинация генов. 25

Например, гены, которые находятся в псевдоаутосомных областях Х- и Y-хромосом, могут за счёт кроссинговера переноситься из одной хромосомы в другую. 2 В результате признаки, которые контролируют эти гены, в части родословной могут выглядеть как Y-сцепленные, а в другой — как Х-сцепленные. 2

Также кроссинговер может приводить к тому, что рецессивные мутации, возникшие в первом поколении, не будут проявляться, но их отдалённые последствия могут быть выявлены в виде повышения частоты возникновения рецессивной патологии в последующих поколениях. 3