Кроссинговер используется в селекционной работе для создания новых генетических комбинаций. 5 Он обеспечивает определённый уровень генотипической изменчивости, необходимой в эволюции и селекционной работе. 4

В селекции растений мейотический кроссинговер служит основным механизмом создания хромосом с новыми комбинациями аллелей, которые передаются потомству. 3 Например, он незаменим при интрогрессии отдельных хозяйственно ценных генов из хромосом дикорастущих видов в хромосомы культурных растений. 3

Возможность контролировать количество разрезов (например, увеличивать его) ведёт к возникновению большего числа новых хромосом, несовпадающих с родительскими. 1 Это позволяет выращивать культуры с конкретными желаемыми характеристиками: из большего разнообразия проще выбрать нужный вариант. 1