Кристаллография тесно связана с минералогией, физикой твёрдого тела и химией. 45

Связь с минералогией заключается в том, что большинство минералов кристалличны, и многие из них встречаются в виде хорошо образованных кристаллов. 2 Долгое время природные минералы были единственными объектами кристаллографических исследований, поэтому кристаллография рассматривалась как часть минералогии. 2 Внешняя форма кристаллов и их сростков остаётся важнейшими диагностическими признаками минералов. 2

Связь с физикой твёрдого тела проявляется в том, что кристаллография рассматривает электрические, оптические, механические свойства кристаллов и их симметричные закономерности. 2

Связь с химией связана с тем, что относительное расположение атомов в кристаллическом веществе зависит от качества самих атомов, от химической природы. 2 В связи с этим атомы образуют различные пространственные постройки. 2 Кроме того, условия кристаллизации и возникновения кристаллов, вопросы перекристаллизации, существования различных веществ определяются физико-химическими процессами окружающей среды, что обуславливает взаимосвязь с физической химией. 2