Криптофитовые водоросли влияют на цвет воды в водоёмах, придавая ей разнообразные оттенки. 1 В клетке криптофитовой водоросли имеется один или два хлоропласта (реже больше), окрашенных в цвета: от сине-зелёного и оливково-зелёного до жёлто-бурого, коричневого и тёмно-красного. 1

Например, красный цвет воде придают криптофитовые водоросли рода Rhodomonas. 45 В водоёмах, которые находятся на ранних стадиях изоляции, из-за криптофитовых водорослей Rhodomonas sp. слой хемоклина имеет красный цвет. 4

Также бесцветные формы криптофитовых водорослей распространены в водах, загрязнённых органикой, и могут служить показателями загрязнения воды органическими веществами. 13