Комплементарные молекулы помогают образованию молекулярных комплексов за счёт взаимного пространственного соответствия структур. 1

Когда поверхности двух молекул комплементарны, они стремятся взаимодействовать и соединяться друг с другом, тогда как молекулы, не содержащие комплементарных поверхностей, не взаимодействуют. 3

Взаимодействие комплементарных фрагментов или биополимеров не сопровождается образованием ковалентной химической связи, но приводит к появлению множества относительно слабых связей (водородных и ван-дер-ваальса) с достаточно большой суммарной энергией. 2 Это, в свою очередь, способствует образованию устойчивых молекулярных комплексов. 2

Принцип комплементарности лежит в основе самосборки надмолекулярных комплексов и органелл из взаимно комплементарных биологических макромолекул. 3