Комплементарность влияет на взаимодействие между биологическими молекулами следующим образом: взаимное соответствие молекул биополимеров или их фрагментов обеспечивает образование связей между пространственно взаимодополняющими фрагментами молекул. 1

Взаимодействие комплементарных фрагментов не сопровождается образованием ковалентной химической связи, но приводит к образованию множества относительно слабых связей (водородных и ван-дер-ваальса) с достаточно большой суммарной энергией, что способствует образованию устойчивых молекулярных комплексов. 1

Например, в случае нуклеиновых кислот, благодаря комплементарности азотистые основания нуклеотидов формируют парные комплексы при взаимодействии цепей нуклеиновых кислот, что играет ключевую роль в процессах хранения и передачи генетической информации. 14