Комплементарность влияет на формирование третичной структуры белка следующим образом: обеспечивает высокую специфичность взаимодействия белка с лигандом. 2 Это происходит благодаря тому, что структура активного центра белка соответствует структуре лиганда. 2

Третичную структуру белка стабилизируют взаимодействия между боковыми радикалами аминокислотных остатков разных участков полипептидной цепи. 1 Высокая специфичность взаимодействия обеспечивается комплементарностью этих радикалов, которые сближаются друг с другом при формировании третичной структуры. 2

Кроме того, комплементарность способствует поддержанию третичной структуры белка, так как взаимодействие субъединиц друг с другом происходит не произвольно, а в строго определённых участках (контактных поверхностях). 3 Здесь могут образовываться десятки слабых связей, поэтому возникновение ошибочных, неправильных соединений практически не бывает. 3