Комплементарность используется в методах современной генетической инженерии для следующих процессов:

• Гибридизация нуклеиновых кислот. 5 На принципе комплементарности основаны гибриды ДНК-ДНК и ДНК-РНК, которые образуются при соединении двух однонитевых фрагментов от разных молекул ДНК в одну двухцепочечную стабильную молекулу. 45
• Получение молекулярных зондов. 5 Молекулярные зонды представляют собой фрагмент ДНК или РНК, чаще с известной последовательностью, которые при гибридизации могут узнавать интересующие фрагменты в исследуемой молекуле нуклеиновой кислоты. 5
• Конструирование новых генов. 3 Это происходит путём объединения in vitro как известных, так и новых, искусственно синтезированных последовательностей нуклеотидов. 3 Такой подход используется в белковой инженерии для исследования функциональной значимости отдельных аминокислот и доменов в полипептидных цепях ферментов, а также для создания новых белков. 3