Комплекс Гольджи влияет на обновление митохондрий в клетке через процесс аутофагии. 34

Вблизи повреждённых или требующих замены участков цитоплазмы, обычно по соседству с комплексом Гольджи, образуется полулунная двойная мембрана, которая растёт, окружая со всех сторон повреждённые зоны. 3 Затем эта структура сливается с первичной лизосомой. 3 В такой аутофагосоме совершается лизис структур органеллы. 3

Путем аутофагии устраняются органеллы, утратившие свою активность в процессе естественного их старения. 3 Также устраняются органеллы, ставшие избыточными, если в процессе нормальной жизнедеятельности снижается интенсивность физиологических процессов в клетке. 3

Таким образом, комплекс Гольджи участвует в обновлении митохондрий, помогая удалять устаревшие или избыточные структуры клетки.