Компартментализация влияет на метаболизм клетки следующим образом: она разграничивает обменные процессы в разных пространственно разграниченных мембраной участках клетки (компартментах). 2

Отдельные ферменты, заключённые внутри органеллы, функционируют фактически независимо от цитоплазмы. 5 Другие ферменты могут быть прикреплены к мембране или составлять её часть. 5 В этом случае их активный центр обращён в один из отсеков, ограниченных мембраной. 5

Физическое разделение метаболических процессов обеспечивается полупроницаемостью липопротеидных мембран, которая предотвращает свободное движение не только макромолекул, но также и заряженных водорастворимых промежуточных продуктов метаболизма. 5

Скорости отдельных метаболических процессов, протекающих внутри отсеков, частично регулируются транспортными системами, расположенными в разделяющих мембранах. 5