Компактизация ДНК влияет на доступность генетической информации для регуляции транскрипции следующим образом:

• В составе гетерохроматина (участки ДНК, плотно упакованные за счёт связывания гистонов и организованные в компактные хроматиновые фибриллы) ДНК недоступна для многих факторов транскрипции. 1 Чтобы регуляторные белки могли связаться с ДНК, гетерохроматин должен быть трансформирован в эухроматин, обычно путём модификаций гистонов. 1
• Белки-ферменты, отвечающие за транскрипцию, связываются только с участками хроматина, свободного от нуклеосом (открытого хроматина). 2

Таким образом, многоуровневая компактизация хроматина позволяет клетке держать большую часть неиспользуемой генетической информации в компактизованном виде, а активные гены — в более открытой, доступной для транскрипционных факторов форме. 3