Компактизация ДНК помогает поддерживать активность определённых генов следующим образом: в зависимости от конкретной трёхмерной конфигурации ДНК, области, несущие разные гены, либо являются доступными для их активации белками, либо спрятаны там, куда белки не могут проникнуть и, следовательно, не могут активироваться. 2

Например, на нуклеосомном уровне компактизации ДНК белки-ферменты, отвечающие за транскрипцию, связываются только с участками хроматина, свободного от нуклеосом, — открытого хроматина. 1

Также при изменениях в форме молекулы ДНК активированные гены начинают концентрироваться в определённых местах. 2 Это подтверждает гипотезу о том, что синтез РНК, то есть копирование информации из активных генов для создания белков, происходит не в произвольных местах по всему клеточному ядру, а лишь в определённых точках — так называемых «фабриках транскрипции». 2