Кодоны и антикодоны влияют на формирование вторичной структуры РНК следующим образом:

Кодоны участвуют в формировании вторичной структуры мРНК, так как их наличие определяет развитую вторичную структуру с большим количеством внутрицепных взаимодействий между азотистыми основаниями. 5 Комплементарное спаривание отдельных участков одной и той же цепи друг с другом образует внутримолекулярные спирали и двуспиральные участки. 5

Антикодоны влияют на формирование вторичной структуры тРНК, так как их наличие обеспечивает взаимодействие с кодоном мРНК, кодирующим соответствующую аминокислоту. 13 Антикодон представляет собой специфический триплет нуклеотидов, который комплементарен в антипараллельном направлении кодону мРНК. 1 В результате образования водородных связей между кодоном и антикодоном полинуклеотидная цепь тРНК закручивается с образованием спирализованных ветвей, заканчивающихся петлями из неспаренных нуклеотидов. 1