Клубеньковые бактерии положительно влияют на плодородие почвы в сельском хозяйстве путём симбиотической фиксации азота. 15 Они усваивают азот из атмосферы и переводят его в соединения, которые могут быть использованы растениями. 5 В результате накапливается азот в почве, что препятствует истощению его запасов. 4

Кроме того, корни бобовых трав, к которым относятся клубеньковые бактерии, обогащают почву фосфором и кальцием. 1 Также повышается водопрочность агрономически ценных агрегатов, улучшаются водопроницаемость и пористость почвы, а плотность сложения уменьшается. 1

Для ещё большего влияния на плодородие почвы на основе клубеньковых бактерий используют бактериальные удобрения, которые преобразуют недоступные растениям питательные вещества в доступную форму. 2