Научное представление о месте амёб в таксономической системе изменялось, в частности, в результате внедрения молекулярных методов и изучения генетического родства организмов. 12

До внедрения молекулярных методов в основе классификации амёб лежали только морфологические признаки. 2 В разных классификациях к определённому семейству относили всех уплощённых амёб с более или менее упругим клеточным покровом. 2

После внедрения молекулярных методов состав семейства амёб претерпел значительные изменения. 2 Часть родов распределили по другим семействам, а некоторые представители других семейств, наоборот, включили в состав амёб. 2

Некоторые этапы изменения таксономического положения амёб:

• Система 1966 года. 2 Голые лобозные амёбы в рамках надотряда Lobida разделили на три отряда. 2 Основным определительным признаком при разделении отрядов был механизм амебоидного движения. 2
• Работа Пэйджа 1976 года. 3 Отряду Thecida дали ранг подотряда в составе отряда Amoebida. 3 Семейство Thecamoebidae стало единственным в таксоне Thecida, и его состав существенно изменился. 3
• Работа 1987 года. 23 Семейство Thecamoebidae перенесли в таксон Euamoebida Lepşi 1960, который по предложению Пэйджа стал отрядом. 23 Из семейства исключили роды Platyamoeba, Pessonella и Vannella. 23
• Серия молекулярных работ. 2 На основании совокупности морфологических и молекулярных данных роды Dermamoeba и Paradermamoeba из состава семейства Thecamoebidae вынесли в отдельное семейство Dermamoebidae. 2 Также на основе молекулярных данных в состав семейства вошёл род Stenamoeba. 2