По данным исследований, в разные геологические эпохи направление течения реки Лена менялось, в частности, из-за тектонических движений и колебаний уровня моря. 14

Так, около 8000 лет назад, в голоцене, сток реки мигрировал от северо-западного направления (Оленёкская протока) к юго-востоку. 1 Это происходило благодаря постоянному перекосу земной поверхности. 1

Кроме того, есть гипотеза, что в геологическом прошлом Лена могла брать своё начало из Байкала. 2 Однако озёрных и речных отложений, которые свидетельствовали бы о стоке воды из Байкала в Лену, пока не обнаружено. 2

В целом общее направление течения Лены —  с юга-запада на север. 5