При присоединении лиганда структура белка изменяется в результате разрыва одних и образования других слабых связей. 5

Лиганд присоединяется к определённому участку на поверхности белковой молекулы — активному центру (центру связывания). 3 Связи между белком и лигандом могут быть как ковалентными, так и нековалентными. 3

При изменении конформации молекулы белка может измениться и тот участок, который является активным центром молекулы. 2 Расположение радикалов, которые образовывали активный центр, может измениться так, что активный центр может исчезнуть (радикалы могут отдалиться друг от друга или изменить взаимное расположение относительно друг друга). 2

Также присоединение лигандов на участках, пространственно удалённых друг от друга (аллостерических), способно вызывать конформационные изменения во всей белковой молекуле. 5