Пунктуация при использовании оборота «по сути» зависит от контекста предложения и роли выражения в нём. 12
Запятая ставится с обеих сторон, если выражение близко по значению к «в сущности говоря» и не связано грамматически с другими словами предложения (к нему нельзя поставить вопрос от другого слова). 2 Пример: «Он же, по сути, ещё ребёнок». 2
Перед фразой ставится запятая, если «по сути» находится в начале обособленного причастного или деепричастного оборота. 2 Пример: «Мы тащились в пробке, по сути уже опаздывая на совещание». 2
После фразы запятая ставится, если «по сути» находится в конце обособленного оборота. 2 Пример: «Это была деревня, уже совсем заброшенная по сути». 2
Запятая не ставится, если можно поставить вопрос от какого-нибудь слова предложения к выражению «по сути». 2 В этом случае выражение означает «по самому существенному вопросу» или «в целом». 2 Пример: «Возражайте по сути вопроса, а не вообще!». 2