После воздействия инфекции, как и в случае других негативных факторов, генетическая структура популяции может изменяться из-за эффекта «бутылочного горлышка». 4

Это явление заключается в резком сокращении генофонда, из-за чего теряются многие варианты генов, которые присутствовали в популяции до негативного события. 4 В результате «беднеют» генетические характеристики и меняется фенотип вида. 4

Однако есть и положительный аспект: в таких условиях могут проявиться новые гены, которые способны спасти популяцию. 1 Если это происходит, численность популяции увеличивается, в неё проникают новые гены от объединения с другими мелкими группами, и частые близкородственные скрещивания прекращаются. 1

Кроме того, эпидемии могут в несколько раз изменить частоты аллелей в популяции на протяжении жизни одного поколения. 5 Например, распространение в Европе некоторых вариантов генов, ассоциированных с устойчивостью к инфекциям, связывают с эпидемией чумы. 5