Баланс между ассимиляцией и диссимиляцией изменяется в зависимости от фазы фотосинтеза. 3

В световой фазе разрушаются органические вещества, энергия аккумулируется в НАДФ·Н2 и АТФ, которые используются для синтеза веществ в темновой фазе. 34 Во время этой фазы образуются богатые энергией молекулы и ионы водорода, необходимые для темновой фазы фотосинтеза. 1

В темновой фазе накопленная в световую фазу энергия используется для синтеза моносахаридов из диоксида углерода (поступает из воздуха через устьица) и водорода (отсоединяется от НАДФ·Н2) путём сложных ферментативных реакций. 2 В результате реакций темновой фазы из углекислого газа образуется глюкоза, которая затем превращается в крахмал. 4 Кроме глюкозы в хлоропластах синтезируются также другие органические вещества: аминокислоты, нуклеотиды и т. д.. 4