Исторические изменения в языке влияют на развитие аллофонов следующим образом: фонематические различия между аллофонами приобретают значимость и становятся дифференциальным признаком, который ложится в основу фонологической оппозиции между ними. 12

Например, в истории русского языка расщепление непалатализованных и палатализованных вариантов большого ряда согласных фонем привело к образованию двух больших коррелятивных рядов. 12 Первоначально палатализованные согласные появлялись в определённых фонетических позициях как комбинаторные варианты, а когда они обрели способность функционировать и перед задними гласными или же в исходе слов, стали самостоятельными фонемами. 1

Также есть случай, когда два аллофона одной фонемы, обусловленные двумя разными окружениями, оказываются в одинаковом окружении в результате исчезновения различия между этими окружениями. 4 В таком случае эти аллофоны уже не аллофоны, а самостоятельные фонемы, хотя физически они сами не претерпели никакого изменения. 4