Слова из анаграмм используют для создания шифров и криптографии, применяя шифр перестановки. 1 В этом случае шифротекст (зашифрованное сообщение) представляет собой не набор букв, а другое слово или словосочетание. 1

Например, слово «жаворонок» может быть зашифровано как «нож корова». 1 Также анаграммы применяют для доказательства авторства, как это делал Галилей. 2 С их помощью учёный объявлял о своём открытии, но суть его раскрывал только после тщательной проверки. 2

Ещё один пример — анаграммы Галилея, где для составления учёный использовал простейший шифр перестановки, то есть менял буквы местами. 2 Пока современники пытались расшифровать анаграмму, Галилей мог провести дополнительные исследования и проверить своё открытие, а удостоверившись в правильности своей идеи, он раскрывал секрет анаграммы. 2