ПЦР с горячим стартом используется для предотвращения неспецифической амплификации следующим образом: в смесь добавляют полимеразу в комплексе с антителами, блокирующими её активность. 1 На первой стадии ПЦР (при 95 °С) антитела денатурируют, полимераза освобождается и только тогда начинает работу. 1

Реализация горячего старта возможна двумя основными способами: 2

1. Блокировка полимеразы антителами. 2 Полимераза становится активной только при предварительном прогревании реакционной смеси при температуре 95 °C в течение 10 минут — это условия, при которых разрушаются связи «полимераза — антитело». 2
2. Использование легкоплавкого парафина. 2 Парафин отделяет полимеразу от компонентов реакционной смеси, предотвращая их преждевременное взаимодействие. 2 Парафин плавится при достижении реакционной смесью температуры выше 55 °C, этого достаточно для начала специфического взаимодействия между компонентами реакционной смеси. 2