Использование молекулярной биологии изменило классификацию растений следующим образом:

• Получено более точное представление о взаимосвязях на всех уровнях филогении растений. 1 Например, исследования показали, что чарофитные зелёные водоросли являются ближайшими родственниками наземных растений, а печеночники — сёстры всех других существующих наземных растений. 1 Также молекулярный анализ прояснил взаимоотношения между папоротниками. 1
• Проведена реклассификация покрытосеменных растений. 1 Выводы, сделанные на основе трёх генов, привели к изменению таксономии на порядковом уровне. 1
• Выявлены ближайшие родственники многих сельскохозяйственных культур. 1 Это позволило использовать их в сравнительных исследованиях и селекции растений. 1
• Пересмотрено, как семейства группируются между собой. 2 Например, в случае с розоцветными по молекулярным данным выяснилось, что только подсемейство розовые сохранилось, а яблоневые, сливовые и спирейные попали в одну большую кладу, и теперь их называют миндальные. 2

Также на основе молекулярных данных была разработана общепринятая система APG, которая основана на разных участках генома и позволяет добавлять в неё новые таксоны и гены. 2