Ионизация и диссоциация влияют на заряд белковых молекул следующим образом:

• В кислой среде, когда в результате избытка водородных ионов подавлена ионизация карбоксильных групп, молекула белка ведёт себя как основание, приобретает положительный заряд. 3
• В щелочной среде, наоборот, подавлена ионизация аминогрупп, и молекула белка ведёт себя как кислота, приобретает отрицательный заряд. 3

Суммарный заряд белковой молекулы зависит и от кислотности (рН) среды. 24 При увеличении концентрации ионов водорода (увеличении кислотности) происходит подавление диссоциации карбоксильных групп и в то же время увеличивается число протонированных аминогрупп. 24 Таким образом, на поверхности молекулы белка уменьшается число отрицательно заряженных и увеличивается число положительно заряженных групп. 24 При снижении кислотности раствора наблюдается противоположная картина: число диссоциированных карбоксильных групп возрастает и снижается число протонированных аминогрупп. 24

При определённых значениях рН молекула будет электронейтральной, то есть число положительно заряженных групп будет равно числу отрицательно заряженных групп, и суммарный заряд молекулы будет равен нулю. 2 Значение рН, при котором суммарный заряд белка равен нулю, называется изоэлектрической точкой и обозначается pI. 24