Инверсия хромосом влияет на эволюционный процесс и видообразование следующим образом: она подавляет рекомбинацию инвертированных участков генома. 2 Если инверсия включает набор генов, которые полезны для выживания в конкретных условиях, то этот набор будет оставаться более или менее целостным и не будет рассеиваться по геному, смешиваясь с другими вредными или бесполезными аллелями. 2 Таким образом, отбор будет преимущественно сохранять особей с удобной инверсией, и она быстро распространится по популяции. 2

Например, популяции губастика крапчатого, получив инверсию, захватившую гены сроков цветения, разделились сообразно местным климатическим условиям. 2

Также инверсии могут снижать скорость генетического обмена между гетерокариотипами, что также влияет на динамику видообразования. 5