Инверсии могут влиять на эволюцию и видообразование следующим образом:

• Затрудняют рекомбинацию — обмен участками гомологичных хромосом при мейозе. 5 Это может снижать вероятность появления жизнеспособного потомства из генетически несбалансированных гамет. 13
• Сглаживают вредные последствия межвидовой гибридизации. 5 Благодаря инверсиям гибридное потомство реже получает конфликтующие комбинации генов. 5
• Препятствуют обратному слиянию недавно разделившихся видов, помогая им сохранять свою идентичность даже в условиях частой гибридизации. 5
• Способствуют эволюции половых хромосом за счёт уменьшения рекомбинации между аллелями, определяющими пол, и аллелями с эффектами, специфичными для пола. 2