Состояние хроматина напрямую влияет на доступность генов для считывания и синтеза на их матрице РНК (экспрессии). 1 Если фрагмент ДНК будет со всех сторон закрыт белками, с ним не смогут контактировать факторы транскрипции и РНК-полимеразы. 1

Некоторые механизмы влияния хроматина на экспрессию генов:

• Эффект положения гена. 5 Уровень экспрессии гена зависит от его локального окружения. 5 Например, активно транскрибируемые гены, как правило, локализуются на периферии хромосомных территорий, а некодирующие гены — внутри своих хромосомных территорий. 4
• Влияние гетерохроматина. 3 Существует положительная корреляционная связь между частотой транскрипционной активности гена и его расстоянием от гетерохроматина. 3
• Роль энхансеров. 1 Это фрагменты ДНК, которые стимулируют экспрессию одного или сразу нескольких генов. 1 Они могут располагаться далеко от генов, активностью которых управляют. 1

Однако есть исследование, в котором учёные обнаружили, что после масштабной перестройки трёхмерной структуры хроматина уровень экспрессии многих генов остаётся таким же, как и до неё. 1 Это означает, что регуляторные участки генов, энхансеры, обладают специфичностью и влияют на работу не любого, а наиболее подходящего им гена. 1